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除加性效应和显性效应外不同位点的基因相互影响引起的效应。一般任何数量性状的基因型值(G)可表示为G=m+D+H+I，其中m为群体平均数，D为加性效应，H为显性效应，I表示上位性效应，环境影响未考虑。上位性效应本身，可分为三类： ①不同位点的加性之间的互作，如d×d; ②加性与显性的互作，如d×h ; ③显性与显性的互作，如h×h。一般把所有上位性效应放在一起考虑。贝特森(W. Betason)1907年提出基因互作一词的原意是指不同基因位点相互作用能产生新的表型。数量遗传学上的上位性效应，强调群体多基因效应的总和。前者指个体水平上的基因互作，后者指群体水平上的互作，彼此有联系而不相同。

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