东汉末，随着无休止的战争、饥荒而来的，是全国性的瘟疫流行。曹植著《说疫气》云：汉献帝建安二十二年（217年）疠气流行，“家家有僵尸之痛，室室有号泣之哀。或阖门而殪，或覆族而丧。”“罹此者悉被褐茹藿之子，荆室蓬户之人耳。若夫殿处鼎食之家，重貂累蓐（褥）之门，若是者鲜焉。”就是说，在瘟疫中遭到覆家灭族之灾的，大都是穿褐布食豆叶，住荆条搭建屋舍、蓬草编成门户的穷人；而住殿堂，以鼎煮食，穿双层貂皮衣服，坐几层垫褥的官僚富户，受灾就比较少而轻。
甘肃当时遭灾的情况，流传下来的记载较少。但作为遭灾的表征，人口的骤减则十分惊人，能说明疫情。据《汉书·地理志》记载，西汉时期今甘肃分10个郡，有120余县（道），38万余户，150余万口。而到东汉末，按《后汉书·郡国志》记载，今甘肃当时为凉州刺史部，分11郡（属国），共有90多个县（道、侯国），共10万余户，46万余人。就是说，东汉甘肃的户数只有西汉的1/4强。而人口总数不到西汉的1/3。户口锐减，同全国一样，是由战争、饥荒和瘟疫所造成。
3 古代政府的赈灾措施
大疫面前人们有各种不同的处置方式，最积极的是利用药物防治。晋人郭璞注释的《山海经·西山经》，主要反映今西北包括甘肃的情况。其中记载防治瘟疫的方法，说：“有草焉名曰薰草，麻叶而方茎，赤华而黑实，臭如蘼芜，佩之可以已疠。”“有鸟焉，其状如鹑，黄身而赤喙，其名曰肥遗，食之已疠。”这是远古先民尝试用佩戴香草、吃特殊鸟肉的方法防治疠疫。
被后人尊为“药王”的孙思邈，于隋炀帝大业（605—618年）间制成“太一神精丹”，是世界上最早用砒霜治疗让人恐惧的疟疾的良方。此方当很早就流行于陇右即今甘肃一带。
有的地方官重视，扶危济困，十分感人。隋朝辛公义，狄道（今临洮县）人。隋文帝开皇时（581—600年），职任岷州刺史。岷州（唐朝岷州，治所在今岷县）当时有一种社会风气，就是人们因为害怕疫病，一人有疾，合家避之，因此病者多死。辛公义决心改变这种不良风俗，于是凡遇到病者，就让人抬到官府“听事厅”，安顿下来，有时病人多了，连回廊上也躺满病人。公义亲设一榻，昼夜处其间，用他的官俸买药，请医生给治疗，多数病人都治好了。辛公义召其家人前来领亲人回去，病人子弟惭愧地表示感谢，“合境之内呼为慈母。”这是一位极有担当的为民办好事的官员。
明朝有一位官员徐镛，字用和，明宪宗成化二十一年（1485年），他被贬官来到镇原县任职。时值饥年，又是瘟疫大作。徐镛命药调治，赖以全活者万计，死者设“义塜”埋葬，受到民众崇敬。（《甘肃通志》卷31）
历史上发生瘟疫等大的自然灾害，各级政府也会救助民众。明成祖永乐九年（1411年）七月，陕西包括今甘肃遭遇瘟疫。巡按陕西监察御史魏源上奏建议：“陕西布政司都司所属，见积仓粮千九十八万四千二百二十五石有奇，以官军俸粮计之，足支十年，今岁疫疠，农事有妨，乞以税粮之半全折输钞。”意为官库粮食充足，瘟疫有妨农事，为了减轻民众负担，请将当年税粮的一半折收为钞。得到朝廷允准。（《永乐实录》卷117）这虽只是局部调整税收，但仍有利农事，因而得到民众欢迎。其他遇到灾难，政府赈济、减免税粮、多方救助的情况，史书也有不少记载。
清圣祖康熙十二年（1673年）四月，甘肃巡抚花善奏言：巩昌所属西和、礼县，去岁疫疠盛行，牛驴倒毙甚众，若待上报批准始行散赈、恐播种过期。因此他未等朝廷下发公文，就从去年应上解银内，拿出一部分买耕牛；又从积贮屯粮中抽出一部分散作农户籽种。这件事在主管部门看来，花善的做法是“任意违例”“应将抚藩道府，交吏部议处，其擅动银谷应令赔补”。就是花善做法“违例”，应给有关官员以处分，动用国库的钱粮应让他们赔补。此议上奏以后，康熙帝批示：“银谷既经给发小民，该抚司道府等官，免其赔补议处。”（《清圣祖康熙实录》卷42）最终由皇帝作出了明智宽大的处理，可见政府对于救灾一事，允许地方官因利乘便，灵活处置。
祈求神灵保佑，在缺医少药，封建迷信的古代，是历代官民遭遇瘟疫后的第一反应和最常见举动。明成祖永乐九年（1411年）七月，陕西包括今甘肃出现疫疠，“民之死亡者众”。明成祖乃遣户部侍郎王彰往祭西岳华山及陕西山川等神，祈祷神灵“助国卫民，御灾捍患……赐以洪庥（xiū，保护），俾疫疠全消，灾害不作。”“既祭，疫疠顿息。”（《永乐实录》卷117）这一偶然性结果，会使人们进一步将疫情的消灭，归功于神灵的佑助，于是信之更笃。