东汉王充《论衡·别通》:“汉所以能制九州者，文书之力也，(汉)以文书御天下。”文书是秦汉时期各种政令信息传递的主要载体，为保障各级政令传递的畅通发挥着重要的作用。简牍文书可分为诏书、檄书、律令、簿籍、考课、符劵、契券等。
诏书
诏书作为皇帝意志的直接体现，能反映专制主义中央集权利用文书行政参与地方治理、实现国家控制的程度。据学者研究，先秦时期，最高统治者的命令称为“命书”。秦统一后，为强化专制主义皇权，“命”改称为“诏”与“制”，至西汉又分化为功能各异的策书、制书、诏书、戒敕。其中用途较广的是“制书”和“诏书”。
居延和敦煌地区曾出土大量西汉诏书，直接体现了皇帝意志在基层实现的细节。包括边塞防御系统在内的地方各级行政组织都要以皇帝的诏书作为行政的首要原则，必须执行。汉简中常见“承书从事下当用者如诏书”的文书用语，意思是接收命令者接到文书后应该像对待诏书一样重视，不折不扣执行。要求各级官员对待其他“书”都要像对待诏书一样，可见诏书的权威性。汉简中有大量基层官府依据诏书处理政事的记载，比如汉宣帝地节三年（前67年）的劝农诏，汉成帝永始三年（前14年）为应对自然灾害而颁发的抑制兼并、安抚百姓诏，都得到了居延地区官吏的高度重视和认真对待。武威汉简《王杖诏书令》和《王杖十简》是关于优待受王杖的老年人的诏书，其中有对不严格执行诏书的官员惩处的案例。
“制 诏犠和是月也草木落乃伐薪□为炭·始建国……” 这是新莽时期下发的一份诏书。是关于《四时月令》的诏条，要求各地方官府和人们要遵循月令行事，不得违背时令。在悬泉置遗址，发现了写在一座建筑物墙壁上的诏书实物，即西汉平帝元始五年（公元5年）的《使者和中所督察诏书四时月令五十条》。该诏书由当时秉政的王莽上书，以临朝的太皇太后名义发出，主要内容是关于四时行事、行政的禁忌，如八月之前“禁止伐木”“从四月尽七月不得筑城郭”，全年“毋夭蜚鸟”“毋杀孡（胎）”等。这份诏书抄写在官员办公或居住的房屋的墙壁上，显然是要提醒他们时时牢记诏书命令，切实执行皇帝命令，以诏书行政。
檄书
檄书是汉代用于传递重要文件、通报重大事件或传送紧急军情的文书。有些檄书还会插上羽毛，称为“羽檄”，提醒送信人要像鸟儿那样飞速传达，不得有误。
“以请诏择天水郡传马付移金城、武威、张掖、酒泉、敦煌大守。诏书：择天水郡置传马八十匹付敦煌郡置，县次传。牵马卒][得，如律令。七月丙子，敦煌大守步长、[史]奉憙、丞破胡谓县泉：移檄到，□□使][遮要、县泉置写移檄到，毋令使檄到不辨，如律令……”
檄书大意是：大概在甘露、五凤年间，朝廷准奏从天水郡置选出八十匹传马交付给敦煌郡内的置使用。从天水郡出发，沿途要经过金城、武威、张掖、酒泉，到达敦煌郡。诏书要求沿途各郡太守需做好相关工作。尤其是对牵马卒要按律令从事。敦煌太守府接到诏书后，敦煌太守步长与史奉憙、丞破胡联合发檄文给悬泉置，要求遮要置、悬泉置务必按照檄书做好接收传马工作，不得懈怠，按律办理。
律令
汉代公文常以“如律令”或“急急如律令”结尾，意谓立即按照法律命令办理。律，法律，引申为法律的主要形式。出土的秦汉简牍中，律形式众多，据李均明先生统计，有贼律、盗律、囚律、捕律、杂律、户律等四十多种。令，法令，是皇帝针对时政颁布的命令。令多是根据不同情况对“律”所做的修改或补充。出土简牍所见的有王杖诏书令、津关令、功令、军令、赏令等。秦汉时代，君权乃一切权力之根源，律令作为皇帝意志的制度化表达也具备了统一臣民之言行的强大功能。甘肃简牍中涉及《囚律》《厩律》《行书律》《效律》《击匈奴降者令》《赐劳令》《北边挈令》等近20种律令。这些律令构成了汉代文书行政的制度保障。居延、敦煌汉简通行公文都会以“如律令”作结。
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