奇特的是，主殿F1停止使用后就被夯填起来，且夯填得非常精整结实。不仅如此，宫城侧室、走廊等大部分空间也都出现了夯填行为，这样整个宫城区基本上就变成了一个数千平方米的大夯土台基。也正因为如此，那些残高2米左右的夯土墙才能历经五千年而不倒。夯填成台基自然是为了在上面建造新的建筑，我们也确实发现了部分仰韶晚期末段的晚期建筑，但因离现在地面太近，所以保存很差，总体情况不明，这不能不说是一个很大的遗憾。
南佐白、黑陶等工艺水平高超，体现出礼制的存在和国家对远距离贸易的控制
南佐宫城区出土的白陶、黑陶、绿松石装饰品等贵重物品，成套的彩陶、朱砂陶、白衣陶、白泥堆纹陶，涂抹朱砂的石镞、骨镞，以及大量炭化水稻遗存，与普通居址区形成鲜明对照，显示当时不但有了较高水平的专业化分工，而且已出现礼制和国家对远距离贸易的控制。
白陶、黑陶在黄土高原罕见，但在南佐宫城区却发现不少，精致者陶胎最薄处仅有一两毫米，表面光滑细腻，有釉质光泽。彩陶是黄土高原传统，有些彩陶成套出土，具有礼器性质，比如在主殿以东祭祀区就集中出土9件小口平底的彩陶酒瓶，还都配有特殊的盖塞——可既盖又塞，以防止酒精挥发。白泥堆纹陶罐罕见于其他遗址，但在南佐仅宫城东部祭祀区就出土数百件，大小不一，结合科技分析可知是盛肉的成套祭器。经测定，南佐大部分陶器烧造温度在1000℃以上，有些甚至超过1110℃，明显高于一般新石器时代陶器的烧造温度。涂抹朱砂的石、骨箭镞也具有礼器性质，可能类似于周代天子赏赐诸侯的“彤矢”。令人惊讶的还有宫城东部祭祀区数以百万粒计的炭化水稻的发现，粟、黍数量却极少，反之在宫城其他区域则多为炭化粟、黍。黄土高原农业本来就以粟、黍为主而少见水稻，以珍贵的水稻献祭神祇祖先，也应当是礼制的反映。
南佐宫城区出土物还体现出与长江中游、黄河下游等地区的远距离联系。南佐出土的上腹有一周压印网格纹的红陶大口缸，几乎和江汉地区屈家岭文化的缸完全相同。圈足的白陶簋、白衣陶簋等的圈足特征，罕见于黄土高原，同样流行于屈家岭文化。据科技考古检测，南佐白陶所用原料为高岭土和瓷石，高岭土质量与后世制造白瓷的瓷土质量接近，瓷石原料可能产自南方，有些白陶上面的海洋结晶涂层原料可能来自海岱地区。绿松石、朱砂都不见于黄土高原，南佐的这两类原料有来自长江中下游地区的可能性。大量水稻不排除当地种植的可能性，但也有可能是从长江中游等地远距离贸易获得。可见南佐都邑应当存在对远距离贸易获取稀缺资源的控制，这也是国家社会的特征。
甘肃是最早进入文明社会的地区之一，是中华文明的发祥地之一
南佐大都邑、大祭台、大宫殿及其环壕水利设施等所体现的巨大建筑工程量，择中而居、主次分明、中轴对称的宫殿建筑布局体现出的以王权为核心的社会状态，高规格器物等体现出的礼制和贸易控制，都表明当时存在一个以南佐都邑为核心的早期国家社会，控制管理范围可能涵盖黄土高原大部地区，可称“黄土高原古国”或“陇山古国”。可见，南佐遗址是中华文明五千年最重要的见证之一，甘肃也就成为最早进入文明社会的地区之一。
甘肃新石器时代的重要发现当然不只有南佐。著名的秦安大地湾遗址第一期可早到距今8000年，所出陶钵上的红色彩陶符号可能与祭祀、占卜相关，所见排列有序的墓葬为祖先崇拜的体现，表明当时已经出现复杂的知识观念，迈开了中华文明起源的第一步。新发现的距今6000年左右的张家川圪垯川环壕聚落有8万平方米，是同时期最大的环壕聚落，所见半地穴式房屋阔大规整，窖穴量多体大，文明起源的第二步走得也很稳健。距今5300年以后大地湾遗址扩大到上百万平方米，有了400多平方米的宫殿式建筑，礼县高寺头也有宫殿式建筑，即将正式跨进文明社会的门槛。大地湾的宫殿式建筑和南佐有诸多相似之处，只是规模相对较小，且尚未出现夯土墙和白灰面，可将其看作南佐所代表的黄土高原文明社会的先行者。总之，甘肃在中华文明起源和形成过程中都具有非常重要的地位，无疑是中华文明的发祥地之一。（作者系中国人民大学历史学院教授、南佐考古发掘项目负责人）