“九台”大致呈倒“U”字形对称分布，每个方台大约40米见方，也就是约1600平方米。北部圆台更大，每个台子的占地面积都和故宫太和殿接近，早先应当就像九座小金字塔一样矗立在大原上，应当非常醒目。勘探和调查表明，保存较好的西3台残高还有5-7米，上小下大，是以黄、黑二色土逐层版筑而成，夯土特征与宫殿区完全一致。在台子内侧勘探出近百米的台阶式道路，另一端通向中轴位置的大冲沟，推测大冲沟位置原来可能有中轴大道。勘探还发现在“九台”外面有内、外两重环壕，紧贴每个台子边缘一周的为内环壕，内环壕之外为倒“U”字形的外环壕。通过对西3台西侧的解剖发掘可知，内壕局部宽约20米、深约10米，在沟壁和底部夯筑有2-4米厚的护壁结构，以防流水侵蚀和渗漏。壕沟夯土层内发现的陶片属于仰韶文化晚期，碳十四测年在距今5000年左右。外环壕尚未发掘，勘探出的宽度有大约20米。
“九台”及其环壕所围成的约30万平方米的遗址核心区，不但在中北部有宫城，在其他部位也发现多处高等级建筑，加上宫城以南可能存在的中轴大道，通向“九台”的九条台阶式道路等，整个“九台”区基本为封闭式的中轴对称结构。“天圆地方”，圆形的北台或许是祀天的“天坛”，东西两侧的八个方台或许为祭祀八方大地的“地坛”，这种礼制性建筑布局前所未见，和后世也大不相同，彰显出南佐都邑的特殊神圣性。
“九台”及其环壕的建筑工程量也很惊人。初步估算，内、外壕总长度在5千米以上，总土方量在75万立方米以上，这实际上就是一项不小的水利工程。如果每两个人一天完成1个土方（包括夯筑护壁在内），大概需要5000人工作一年时间才能完成。筑台时即便使用壕沟中挖出来的土，但夯筑本身费时费力，因此所费工时或许和挖筑壕沟差不多。也就是说，仅“九台”及其环壕就需要数千人工作两年时间，这还不算相关的后勤保障。只有动员数以千计的家庭、数以百计的村落才有可能办得到，彰显出国家力量的存在。
南佐宫殿开中国古典宫殿建筑的先河
南佐核心区中北部的长方形宫城，夯土宫墙围起来的空间接近3700平方米，宫墙之外还有壕沟或“护城河”环绕。加上“护城河”，整个宫城区占地面积就有上万平方米。南宫墙有平行的两道墙，内墙宫门和主殿F1的中门、中央大火坛在一条中轴线上，门两侧还有夯土墙的门塾（门卫房）类建筑；外墙类似后世的萧墙或影壁，向东错开几米也开有一道门。南墙两道墙之间的空间兼具瓮城功能，增强了宫城的封闭性和防御性。无论是作为影壁还是瓮城，年代也都是最早的。
长方形的主殿F1位于宫城中央，坐北朝南，建筑面积720多平方米，室内面积约580平方米，由“前厅”和“殿堂”两部分构成。以版筑法夯筑的主墙墙体厚约1.5米、残高约2米，墙外还有散水台、排水沟等。“殿堂”南墙开有三门，其余三面为圆转角附墙。“殿堂”后部有两个直径约1.7米的大型顶梁柱柱洞，这应该是目前考古发现的或现存的所有宫殿里面最粗的柱洞了，要知道故宫太和殿的顶梁柱直径才1.06米。“殿堂”前部有一个直径约3.2米的圆盘形地面式大火坛，直径相当于两个人的身长，规模之大令人惊叹！前厅南侧无墙，地面有三排柱洞，每个柱洞直径约0.8米。F1的夯土地基在半米以上，其上铺砌土坯，再涂抹草拌泥和石灰，仅白灰面就至少有6层。所有墙的内外壁，火坛，甚至殿外散水台，也都涂抹多层草拌泥和石灰。在宫城内部东、西两侧各有一列多间夯土墙侧室（侧殿），大致对称分布，每间侧室建筑面积数十平方米，不少侧室内有圆盘形地面式火塘。侧室可以通过正门下台阶与大殿F1相通。
南佐宫城择中而居、主次分明，具有严整的中轴对称布局，开后世中国古典宫殿建筑的先河：“九台”及核心区位于遗址中心，宫城位于“九台”中心，主殿位于宫城中心，大火坛位于主殿中心。主殿坐北朝南，从主殿大堂后部两个顶梁柱中间，向南到主殿中门、宫城南门，构成大致南北向的中轴线，东西两侧的侧室和壕沟对称分布。再放大视野，“九台”中的北台就在这条中轴线的北端，东西两侧各有四台互相对称。这是一种将神权和区域王权紧密结合在一起的、以王权为核心的建筑格局，具有鲜明的中国特色。值得关注的是，南佐的所有墙均为夯筑，几乎所有墙壁、地面都涂抹白灰，这是中国最早大规模使用夯筑和白灰面装饰建筑技术的实例，加上红砖和大量土坯建材的使用，尤其是超大空间单体建筑的建造，显示南佐都邑的建筑技术已达到很高水平。