朱棣看后，十分高兴，他为大典写了一篇洋洋洒洒的序言，其中历数古代文献之精华，从伏羲轩辕，讲到尧舜禹汤，又从周公孔圣，写到汉代儒学……很有一股“继往圣之绝学”的气魄。当然，朱棣主要从统治者的角度看待这种“盛世著书”之事，而且越是“包罗万象”的百科全书，越能满足他好大喜功的心理。而且，朱棣对这部书可以通过“韵”来查询内容的设置，也颇为得意：“盖网罗无遗，以存考索。使观者因韵以求字，因字以考事，自源徂流，如射中鹄，开卷而无所隐。始于元年之秋，而成于六年之冬，总二万二千九百三十七卷，名之曰：《永乐大典》。”
随意翻看《永乐大典》，都能发现不少隐秘的历史线索。比如，第3518卷的关键字是“门”，开篇就介绍了历史上各种各样的“门”，以及颜真卿、黄庭坚、米芾等书法家笔下各种“门”的写法。换言之，《永乐大典》里不仅有文字资料，还有图，可谓图文并茂。在这一卷搜集的“门”里，有一个“秦磁石门”，就对传说中的阿房宫磁石门的史料，做了比较清晰的整理：“《太平寰宇记》：咸阳县有磁石门，在县东南一十五里，东西有阁道，即阿房宫之北门也。累磁石为之，着铁甲入者，磁石吸之不得过，羌胡以为神。《韦述西京记》：“秦阿房宫以磁石为门，怀刄（其他文献也作‘刃’）入者辄止之。”仅仅这一段话里，就有几部典籍的名字，《太平寰宇记》是宋代地理著作，可惜有一些内容散佚了，《韦述西京记》是唐代史学家韦述写的《两京新记》中“西京”长安的部分——“西京”长安与“东都”洛阳相对，是隋唐文人眼中的两京，但此书多数内容已经散佚，部分内容记载于宋代大型类书《太平御览》，到了《永乐大典》这里，再次得到记录，才算把这条史料保存下来了。
被遗忘 被焚毁
《永乐大典》一共22937卷，多达3.7亿字，十分可惜的是，保存至今的只有800卷。而在很久之前，《永乐大典》的多数内容，就已经下落不明了，成了古典文献史上的一大谜团。
大典编修完成后，就一直存放在南京的文渊阁，直到朱棣迁都北京，才将其运至北京皇宫中。朱棣如此热心修书，他到底有没有认真读过《永乐大典》呢？就目前的史料来看，朱棣和此后多位明朝皇帝，或许是出于事务繁忙，或许是没兴趣细看，总之，没有关于他们细读大典的记录，只有弘治帝朱祐樘为了寻求长生之道，才想起《永乐大典》，并从里面寻找医学方面的记载，给太医查看。
其实，在此之前，《永乐大典》被冷落与遗忘的命运已经开启了。1449年，也就是明正统十四年，发生了震惊天下的土木堡之变。明朝强盛的国运，被这一具有象征意味的失败事件打破了，而在远离塞北的旧都南京，则遭遇了一场大火，文渊阁收藏的、包括编修《永乐大典》所需的原始资料在内的大量图书被焚毁。换言之，《永乐大典》成了“孤本”，它不能再消失了，否则前人的心血都白费了。
然而，《永乐大典》还是在嘉靖三十六年遭遇了一次坎坷：宫中大火差点烧到保存大典的地方。嘉靖帝终于意识到文献保存问题的严重性，便有了未雨绸缪的想法。他命令内阁首辅高拱带领一个重录团队，原封不动地将《永乐大典》誊写了一遍。由于嘉靖帝对这项工作要求很高，重录人员花了整整六年的时间，才让大典有了副本，是为“嘉靖本”。
消失的“正本”
后世能看到的《永乐大典》，基本上都是“嘉靖副本”，而永乐年间编修的“正本”，则在历史长河中莫名其妙地消失了。对此，史学界最常见的两种说法，一个是“陪葬说”，一个是“皇史宬夹墙说”。古籍专家张忱石在很早之前就提出，嘉靖帝很喜欢《永乐大典》，而重录副本完成之时，正好与他驾崩时间差不多，不排除“正本”陪葬嘉靖帝的可能性。这背后的逻辑是：既然已经有“嘉靖副本”流传于世，就不担心它消失了，而皇帝在另一个世界，能有心爱的著作为伴，也未尝不可。但这一猜测的问题在于缺乏足够的史料支持，虽然看似合乎情理，但在嘉靖永陵被发掘之前，我们无法确知问题的答案。而现在的考古不可能去主动开挖帝陵，除非是特殊的“抢救性发掘”。因此，我们在未来很长的时间里，恐怕都无法验证这一猜测的真实性。
还有一个可能性较大的答案，是史学家王仲荦给出的，他认为《永乐大典》可能藏在明清两代的皇家档案馆皇史宬的夹墙里。这很容易让人想到历史上的鲁壁藏书事件——秦始皇焚书时，孔子后代孔鲋为了保存儒家经典，就将《论语》《尚书》等书藏在孔子老宅的墙壁里，直到汉武帝时，鲁恭王发现这批藏书，才使之重见天日，这也是“古文经”的由来，由此产生的“古文经学”与“今文经学”（由战国到秦汉的老儒凭借记忆、口耳相传的儒家经典，形成了“今文经学”）论争，持续了很久。这种古建筑墙壁中藏有什么古书、秘笈的“故事”，似乎不难引人联想，确实也很有“诱惑力”。但这种猜测的问题同样在于它缺乏足够的史料支持，也就只能是一种可能性而已。