1772年，乾隆皇帝下旨令，要求辑佚库书、广征遗书，开始编撰《四库全书》。《四库全书》是中国历史上最大的一部丛书，卷帙十分浩大，一律正楷抄写，分抄七部，分送全国七阁保藏。七部《四库全书》，前四部分藏于北京紫禁城皇宫之文渊阁，圆明园之文源阁，热河行宫之文津阁，奉天行宫之文溯阁。后三部分藏于扬州大观堂之文汇阁，镇江金山寺之文宗阁，杭州孤山圣因寺之文澜阁。
1781年，即文溯阁所藏是乾隆四十七年抄成的正本，同年11月至翌年初，分四批由四库总校官护送从北京运抵沈阳。八国联军侵华、沙俄侵占沈阳故宫后，文溯阁《四库全书》遭到破坏，“间有缺册”。
1914年，袁世凯炫耀文治武功，将沈阳故宫珍藏（包括《四库全书》）运至北京。袁世凯倒台后，《四库全书》放置在北京古物陈列所。1924年，奉系有识之士趁势提出送还《四库全书》之议，遂于1925年8月璧还沈阳，继续藏于文溯阁。
1931年，“九一八”事变爆发，东北国土沦陷，文溯阁《四库全书》与沈阳城一起落入日本人手中，后以伪满洲国国立图书馆之名代为封存。
1950年，朝鲜战争爆发，为了保护好《四库全书》，该书被再一次运出沈阳，辗转多地存放，1954年，《四库全书》被运回沈阳故宫文溯阁。
1966年，出于战备考虑，文化部决定《四库全书》从沈阳故宫文溯阁拨交甘肃保存。同年，文溯阁《四库全书》经过长途跋涉，秘密运至兰州，藏在兰州永登连城鲁土司衙门大经堂。1971年，文溯阁《四库全书》又从永登连城秘密迁移至榆中县甘草店战备书库。
1999年，为了进一步优化文溯阁《四库全书》收藏保护环境，甘肃省决定在兰州九州台修建文溯阁《四库全书》藏书楼。
2005年7月，文溯阁《四库全书》藏书楼在兰州九州台竣工并投入使用。
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